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    研究比較了用于單細胞RNA測序的文庫制備和測序平臺

    實驗室資訊網時間:2019-04-10 點擊: 百度搜索 | 必應搜索 | 搜狗搜索

    【導讀】丹麥南部大學,惠康桑格研究所和BGI的研究人員今天在基因組生物學雜志上發表了一項研究,比較了用于單細胞RNA測序(scRNA-seq)的文庫制備和測序平臺。 單細胞轉錄組學(即scRNA-seq)是下一代測序方法,其同時測量單個細胞中數千個基因的信使RNA濃度(由DNA /基因組/遺傳藍圖編碼)。這使研究人員能夠獲得高分......
    TAG標簽: 單細胞RNA測序 文庫制備 測序平臺

    丹麥南部大學,惠康桑格研究所和BGI的研究人員今天在基因組生物學雜志上發表了一項研究,比較了用于單細胞RNA測序(scRNA-seq)的文庫制備和測序平臺。

    研究比較了用于單細胞RNA測序的文庫制備和測序平臺

    單細胞轉錄組學(即scRNA-seq)是下一代測序方法,其同時測量單個細胞中數千個基因的信使RNA濃度(由DNA /基因組/遺傳藍圖編碼)。這使研究人員能夠獲得高分辨率的細胞視圖,以解開異質細胞群并更好地了解體內的個體細胞功能。盡管存在幾種單細胞方案,但傳統上使用Illumina技術和測序平臺進行測序。

    作者在此進行了傳統Illumina平臺與單細胞轉錄組學的替代BGISEQ-500短讀序列平臺的首次比較。作者使用兩種不同的方案(SMARTer和Smart-seq2)通過scRNA-seq分析了468個單個細胞,產生了1297個單細胞文庫,用于Illumina HiSeq和BGISEQ-500平臺的測序。通過使用兩種不同的細胞類型(人類永生化白血病細胞'K562'和小鼠胚胎干細胞'mESCs')和摻入合成RNA控制序列,作者對測序平臺之間的性能進行了基準測試。該研究發現,BGISEQ-500在檢測RNA分子的靈敏度,準確度和重現性方面與Illumina平臺具有高度可比性

    雖然測序試劑和人員成本受地域限制,但BGISEQ-500通常具有更高的數據吞吐量,但成本略低。“高通量和每通道成本略有增加的結合使得BGISEQ-500成為scRNA-seq項目的一個有吸引力的替代方案,需要大量的多路復用以及每個細胞相當大的讀取深度”,BGI的聯合主要作者繆苗苗博士說。紙。

    “這是第一項將Illumina HiSeq與BGISeq-500測序平臺進行單細胞RNA測序比較的研究,為研究人員提供了另一種測序選擇。我們的研究發現,平臺之間的比較指標表現非常相似。適用于大規模單細胞測序計劃,生成所有人類細胞類型的參考圖譜,增強我們對人類健康的理解。“

    (本文來源:互聯網)

    (責任編輯:大林)

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